L'épisode final de la saison 3 est « première grève »
Écrit par Martin Gero et dirigé par Martin Wood,
Un nouveau vaisseau est arrivé à Atlantis : l'Apollo, commandé par le brusque dirigeant militaire, colonel Abe Ellis.
Depuis que les réplicateurs à forme humaine ont essayés de saisir Atlantis , le Daedalus avait fait des vols de reconnaissance au-dessus de leur monde. Et ils ont trouvé quelque chose.
Colonel Ellis fait rapport au Dr. Weir, au colonel Sheppard, et à Dr. McKay :Les Réplicateurs construisent une flotte de vaisseaux. Vraisemblablement, de force technologiquement avancée ...
Ces Replicateurs semblent construire leurs vaisseaux avec des matériaux standard plutôt que de les former avec des cellules de Réplicateurs, ils pouront être détruits la manière classique (peut-etre ?).
En attendant, McKay rapporte, que les Asgard ont créés un système d'armes satellite qui peut éliminer une planète entière peuplée de Réplicateurs. Le secteur 51 essaye de faire la même chose.
Mais Elizabeth est gravement préoccupée : Ils commenceront une guerre , une guerre contre un ennemi très puissant. Et elle devra prendre des mesures draconiennes afin de sauver la cité d'Atlantis.