Une équipe d'Atlantis à réussie a convertir tout un équipage d'un vaisseau Wraith en humain grace au rétrovirus. L'équipe doit alors retourner à la cité tout en mettant en état de stas les prisonniers. Le docteur Weir doit alors expliquer son choix à un comité d'enquéte dirigé par Richard Woolsey.
McKay examine quand à lui le vaisseau ruche pour le remettre en état. Mais la il se rend compte qu'il va y avoir un probléme. En effet il découvre que l'on ne pourrat pas garder les ex-wraith en stase indéfinimen. L'équipe pense alors qu'il faut les relacher sur une planéte en leur faisant croire qu'ils ont été exposer à une attaque virale.
Sheppard et Beckette restent sur la planéte pour surveille les nouveau humains et Michael n'échappe pas à sa. Seul probléme, c'est qu'un vaisseau Wraith se dirige vers eux et que le secret sur l'existence de la cité d'Atlantis