L'équipe d'Atlantis vient d'essuier une défaite avec les Wraith. Ils doivent alors stopper les vaisseaux ruches avant qu'il n'atteigne la Terre. Elisabeth souhaite et oblige même le colonel Caldwell d'utiliser le Dédalus ainsi que l'Orion pour attaquer les vaisseaux ruches. Mais Elizabeth doit en plus rendre des comptes aux autorité compétente et elle doit donc rentrer sur Terre.
Sheppard a réussi à survivre au crash de son F-302. Il est alors obliger de faire confiance à Michael pour sauver Ronon et McKay. En effet ils sont prisonnier des Wraiths et ils arrivent à se libérer de leur cocons. Ils veullent d'ailleur dans un dernier acte, détruire leur vaisseau.
Chaque plan se met en place et les F-304 se prépare à attaquer les vaisseau ruches alors que Sheppard, McKay et ronon son encore dedans.
